L’histoire d'Eyeshield 21 prend place au Japon, à notre époque. On y fait alors la connaissance de Séna, le héros. Ce dernier est un petit lycéen chétif. Tout commence alors qu'il arrive quelque peu promptement à sa pré-rentrée scolaire. Sur place l'attends Mamori, son ami d'enfance, d'un an son aînée. Après avoir vérifié que Séna était bien reçu au lycée Deimon, ce dernier reçoit des félicitations triomphales de la part de deux membres du club de football américain, pour son arrivée au lycée. Ces félicitations n'ont en fait d’utilité aux membres du club que de récupérer le numéro de téléphone des premières années, afin de les harceler de prospectus et de coup de téléphone, ventant les mérites de club de football américain

Le jour de sa rentrée au lycée, Séna se fait immédiatement harceler par 3 loubards de sa classe, qui lui demande de leurs rapporter de la nourriture. Il faut dire que Séna n'en est pas à ses premières fois en tant que larbin. En effet, ce rôle de souffre douleur le poursuit depuis la primaire, et il a apprit, avec le temps, à s'acquitter de ses labeurs à une vitesse prodigieuse, afin d'être débarrasser de ses agresseurs.

Lorsqu'il revient aussitôt au côté des loubards, avec rien en main, et en assurant que la superette était fermée, ces derniers s'énervent et le prennent à part dans un local, qui n'est autre que celui du club de football américain.

Sur place, il rencontre Kurita, qui arrive à le convaincre de s'inscrire au club en tant que... responsable. Peu de temps après, Séna re-rencontre les 3 loubards, qui n'ont pas apprécier de se faire balancer par Kurita, et veulent se venger. Séna, refusant pour une fois de collaborer, s'enfuit à toutes jambes, afin de leurs échapper.

Se mêlant à la foule, il se fait repérer par Hiruma, qui n'est autre qu'un membre du club de football américain, aux convictions quelques peu spéciales. Il voit immédiatement en Séna des aptitudes pour son sport, alors qu'il arrive à se débarrasser des 3 loubards.

Le lendemain, Séna se fait attraper par Hiruma, qui, ne tenant pas à ce que son poulain aux jambes en or soit piquer par d'autres clubs, lui impose le port du casque Eyeshield, qui est un casque possédant une visière teintée, empêchant ainsi aux gens de voir le visage de celui qui le porte.

Séna devient alors, durant les matchs, Eyeshield 21, le running back de Notre Dame, capable de renverser la situation d'un match grâce à sa vitesse prodigieuse!!!